Для настройки режима лицензирования терминального сервера 2016 делаем следующее:
Включаем режим лицензирования на пользователя:
$obj = gwmi -namespace "Root/CIMV2/TerminalServices" Win32_TerminalServiceSetting
$obj.ChangeMode(4)
Указываем какой сервер лицензий использовать:
$obj = gwmi -namespace "Root/CIMV2/TerminalServices" Win32_TerminalServiceSetting
$obj.SetSpecifiedLicenseServerList("имя_сервера_лицензий")